▲蘇加諾
解決了外部威脅後,隨著馬來西亞政權的穩固,占據人口多數並控制政權的馬來人開始強調「馬來人至上」,不斷壓縮華人、東馬土著的權利。為了稀釋華人比例,華人為主體的新加坡甚至在1965年被踢出聯邦,被迫獨立。
新加坡通過轉口貿易、金融及部分工業配套迅速發展起來,沒加入馬來西亞的汶萊則憑藉儲量豐富的石油資源迅速致富,汶萊與新加坡兩個小國成為東南亞地區人均收入最高的國家。
按協定,東馬有權保留地方教育系統。但由於當地經濟落後,缺乏足夠的教師。大量馬來人教師進入東馬,當地教育系統逐步馬來化,即強調馬來語與馬來文化教育。
1973年,沙巴率先將馬來語列為地區官方語言。砂拉越則將英語和馬來語同時列為地區官方語言。
1974年,馬來西亞政府頒布《石油開採法令》。通過剝奪東馬對沿海大陸架的控制權,東馬從當地石油開採獲取的利潤分配從40%壓縮到5%,這大大加深了東馬對馬來西亞政府的財政依賴。
1976年,時任馬來西亞首相的海珊·奧恩推動修憲。東馬二邦失去了與馬來亞平起平坐的一級政治實體地位,淪為與馬來亞下屬州份一樣的地位。
東馬土著組織了政黨,但長期游離於馬來西亞政壇外圍,甚至淪為馬來人政客的附庸。在此背景下,這種損害東馬利益的修憲案卻得到了東馬議員的同意。東馬政治地位大降,更加無力對抗馬來西亞中央政府。
1981年,馬哈蒂爾當選馬來西亞首相,並在此後22年間連續治理馬來西亞。馬來西亞穩定的政治環境外加西方產業轉移、東馬石油開發等影響,馬來西亞經濟發展步入快車道,逐步從農業國發展為新興工業國。