源賴朝受封征夷大將軍後,便著手創建自己的幕府,管理天下事物,把天皇的小朝廷晾在了一邊,後鳥羽天皇不甘皇權旁落,興兵討伐,無奈兵敗遭到流放,抑鬱而終。
此後,征夷大將軍成為日本法統的代表,世襲罔替。日本幕府也經歷了鎌倉,室町,江戶三代綿延七百年之久,這七百年間,天皇雖然為奪回權利做了諸多努力,但都以失敗而告終。天皇不得不依附於幕府,苟延殘喘,更有甚時,天皇不得不靠賣官養家,靠其他大名的施捨度日,真可謂落難的鳳凰不如雞。
這種情況一直到公元1868年明治維新才得到改善,不過天皇掌權後的結果是後來所有亞洲人都不容樂見的。