1997年時,全球迎來金融風暴,風暴的浪潮很快席捲印度尼西亞,使其經濟受到重大打擊。印尼國內出現大規模的饑荒,失業,受金融危機影響,各地展開遊行示威活動,國內動盪不安搖搖欲墜。在此期間,蘇哈托為了轉移矛盾,竟然再次挑起民族衝突,教唆自己的女婿,陸軍部隊司令普拉博沃進行排華活動,再次殺害大量的華人,虐奪華人財產。
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自古邪不勝正,蘇哈托行引起眾怒,這第二次的排華行動並未挽回蘇哈托政權。國內外的反對聲音、輿論的壓力,將蘇哈托完全壓倒,在當年5月31日時蘇哈托宣布辭職下台。下台後的蘇哈托極少露面,隱藏於自己的居所。憤怒的印尼人民要求對蘇哈托進行處決,可蘇哈托直到去世也未受到相應懲處,這個屠殺了50萬華人,侵吞350億美元的國家財產,完全是罪無可赦的蘇哈托,為何最後仍能善終呢?