「九皇爺」是何方神聖，又與天地會有何瓜葛？

須知，玄天上帝是道教神仙譜系中，掌管北方的大神，同時祂也被譽為大明帝國的護國神明。

「國姓爺」鄭成功則在台灣建立政權後，曾吸納大量明朝遺臣為下屬，並且高舉「反清復明」的旗幟與清朝對抗，因此後港斗母宮與「反清復明」的故事似乎隱約有點聯繫。

再者，該廟正殿前方有一副對聯：「日昍晶𣊭弄里羨慕，月朋𦜳朤定乾坤。

」對聯開頭數個字分別以「日」和「月」為主，「日」、「月」合在一起就是「明」，因此有學者認為這副對聯其實是一幅「反清復明」的旗幟。