▲北婆羅洲的華人
1957年馬來亞獨立後,北婆羅洲聯邦計劃遇到挑戰。馬來人同樣是北婆的重要民族,占當地人口的30%以上。在近代殖民時代到來前,砂拉越和沙巴長期被馬來人建立的汶萊統治。
即便是二戰後,砂沙二地是英國的直轄殖民地,但汶萊是保護國,該國有更多自治權。
馬來亞在1961年首次提出同新加坡、北婆三邦組建馬來西亞的設想。當時馬來亞人口超過600萬,北婆三邦總計100萬。少數族裔認為與馬來亞合併會損害他們的利益,汶萊蘇丹則表示支持。
與此同時,控制加拉曼丹島南部(南婆羅洲)的印尼對北婆表現出極大的興趣。早在20世紀初,尚在荷蘭殖民統治下的印尼民族主義者就產生了一種理論,即在印尼帶領下,將整個南洋群島整合在一個「泛南島民族政權」下,該理論在印尼獨立後發展成「大印度尼西亞主義」,被印尼視為對抗殖民殘餘的重要措施。
在印尼人看來,整個南洋群島都是「大印度尼西亞」的範圍,當下馬來西亞與印尼的領土範圍都是殖民產物,應當按照當地實際的民族構成,整合成統一的南島民族國家。
由於砂拉越和沙巴缺乏成熟的地方政黨,汶萊領導了北婆的政治走向,支持北婆聯邦的汶萊執政黨發動政變試圖控制汶萊蘇丹。
印尼積極支持政變,希望藉此吞併北婆羅洲。宗主國英國為防止地方局勢失控,迅速出兵撲滅了政變,北婆計劃遭受沉重打擊。