在日本期間,徐福傳授了農業、建築和醫藥等方面的知識,盡力幫助日本人改善生活條件、提高當地農耕生產水平。就這樣,徐福被認為是日本文明的奠基者之一。
徐福在日本幫助當地進行建設一段時間後,又回到了秦國,隨後再一次攜帶物資與人力重新出發前往日本。可是這一次出海,直到國家滅亡,徐福再也沒有回到秦國來。有人猜測徐福中途遭遇不測,葬身在了大海;有人認為徐福是不願意回到秦國,直接定居在了日本。
在現今的日本,還可以找到很多供奉著徐福雕像的神社、號稱是徐福遺址的地方,還有專注研究徐福的協會等,似乎真的暗示了徐福曾經長期居住在日本。