緊接著給這個燒瓶進行加熱,將燒瓶內的水煮沸,產生的水蒸氣與CH4、NH3和H2的混合氣體不斷循環。與此同時,還給儀器進行火花放電,來模擬地球雷擊的過程。經過一通的折騰後,在燒瓶內生存了有機物,其中就包括一些胺基酸,有一些胺基酸是生物的蛋白質所含有的。雖然米勒實驗能夠證明在特定的環境下,無機物合成小分子有機物是完全有可能的,但是這些胺基酸等小分子有機物是怎麼合成蛋白質,暫時還沒找到答案。不過,這一個實驗表明了,地球生命從無到有的可能性。現在人類的科技有限,所以還無法準確的判斷出地球生命起源的全部奧秘。